Säsong 2

Agent Cooper har blivit skjuten, blöder kraftigt och har hallucinationer om en jätte. Audrey är tillfångatagen på kasinot/bordellen One-Eyed Jacks. Donna får ett märkligt meddelande. Josie och Catherine saknas och Ronette återupplever Lauras mord.

Cooper får veta att hans föredetta partner, Windom Earle, har rymt från ett mentalsjukhus. Major Briggs lämnar ett meddelande till Cooper. Donna träffar en spöklik gammal dam och hennes barnbarn. Ben vill ha Leland mördad. Andy tror att han är steril och Audrey får nya insikter om Laura.

Donna hittar en gammal dagbok som har tillhört Laura hemma hos Harold Smith. Blackie håller Audrey som gisslan. James och Madeleine kommer varandra nära till Donnas förtret. Lucy äter lunch med Dick Tremayne. Dr. Jacoby hypnotiseras, vilket leder till en arrestering.

Cooper är förvånad över en annorlunda förfrågan från Ben Horne för att rädda Audreys liv. Josie presenterar sin "kusin" Jonathan från Hong Kong. Renault förhandlar med Battis.

Cooper och Truman genomför en razzia på One-Eyed Jacks. Leland är på rättegång. Donna och Madeleine gör en plan för att stjäla Lauras hemliga dagbok från Harold Smith. Ben får ett affärsförslag.

Donna och Madeleine är rädda för den uppretade Harold Smith. Shelly och Bobby håller en välkomstfest för Leo. Coopers chef, Gordon Cole, gör ett besök för att varna Cooper för de hot som förekommit. Josie träffar en överenskommelse med Ben och ger sig av med Jonathan. Den enarmade mannen avslöjar hemligheter om "Bob".

Ben tas in på polisstationen för förhör efter att Audrey konfronterar honom angående One-Eyed Jacks och vidarbefordrar informationen till Cooper. Andy grubblar över innebörden av Harold Smiths lapp. Shelly och Bobby har missbedömt sina inkomster och är därför barskrapade. Bobby hittar en kassett som tillhör Leo. Madeleine förbereder sig för att åka hem och Pete får veta Tojamuras planer.

Normas mamma är på besök och presenterar sin nya man, ovetande om hans kopplingar till Hank. Lucy återkommer med sin syster. Bobby bestämmer sig för att utöva utpressning mot Ben, som också får ett inspelat ultimatum. Den enarmade mannen visar vägen till en avskyvärd upptäckt.

Cooper inser att han och Laura drömde om samma sak. Han får upp ett hett spår på mördaren. Catherine lurar Ben att skriva under ett kontrakt. Lucy, Andy och Tremayne konfronterar varandra om hennes graviditet.

När Cooper tar farväl kommer en FBI-agent med nyheter angående One-Eyed Jacks-affären. Twin Peaks Gazettes utgivare grälar med sin bror, borgmästaren. Renault får med sig Hank och Ernie för att sätta dit Cooper. Nadine, som inbillar sig att hon är tonåring, anmäler sig till gymnasiet. Major Briggs fiskar med Cooper och råkar ut för ett underligt möte i skogen.

Cooper blir föremål för en FBI-undersökning. Nadine faller för tonåringen Mike Nelson. Hank konfronterar Ben. Catherine tvingar Josie att bli hennes hushållerska. Andrew Packard dyker upp livs levande.

Cooper hittar kokain vid ett övergivet hus som Renault använder. Dougie Milford dör under mystiska omständigheter. Major Briggs återvänder.

Cooper hålls som gisslan av Renault, Andy och Tremayne snokar i Nickys förflutna, Catherine uttrycker sin kärlek till Ben, Hank konfronterar Big Ed och Coopers ex-partner Windom Earle skrider till verket.

Cooper avslöjar vad han vet om Windom Earle för Truman. Audrey gör ett affärsavtal med Bobby, James inser att han har gått i en fälla och Josies gamla farliga älskare, Thomas Eckhardt, dyker upp.

Cooper hittar nya bevis på vem som sköt honom och får hjälp av den lokala schackmästaren. Donna försöker desperat rädda James, Nadine överraskar Ed och Norma och Catherine utnyttjar Josie för att lura Eckhardt.

Ed friar till Norma, James och Donna gör slut, Audrey träffar en stilig, förmögen man från hennes förflutna, Earle skickar ett pussel till Audrey, Shelly och Donna, Josie gör en bekännelse efter ett fruktat möte med Thomas Eckhardt och Cooper får ännu en uppenbarelse.

Cooper attraheras av Normas syster, Annie, som just återvänder till världen från tillvaron i ett kloster. Truman drar sig tillbaka, Donna mottar en makaber besökare, Audrey faller för Wheeler, Nadine och hennes tonåriga kille, Mike Nelson, checkar in på Great Northern Hotell.

Truman vaknar upp i en mordisk situation med en naken kvinna, Audrey och Donna ser Mrs. Hayward möta Ben.

Cooper och Truman försöker tyda hieroglyferna från Owl Cave. Planerna för Fröken Twin Peaks-tävlingen utvecklas. Tremayne arrangerar en vinprovning på Great Northern Hotel. Cooper faller för Annie, och Gordon för Shelley.

Cooper och Truman fortsätter att undersöka mysteriet vid Owl Cave. Cooper uppvaktar Annie. Donna gör en upptäckt på sitt födelsebevis. Wheeler försvinner plötsligt efter att ha mottagit nyheter.

Cooper och Truman lyckas tyda en del av hemligheten med Black Lodge. Cooper hjälper Annie att förbereda sig för Fröken Twin Peaks-tävlingen. Major Briggs flyr från Earle. Catherine fortsätter att kämpa med den svarta lådan. Lucy väljer pappa till sitt barn.

Cooper och Truman räknar ut var Black Lodge är och skyndar sig för att rädda Fröken Twin Peaks. Donna konfronterar sina föräldrar angående Ben. Audrey begår civil olydnad.