Säsong 6

Klonsoldaten Tup dukar under för en mystisk psykisk sjukdom som leder till en jedimästares chockerande död. Oförmögen att förklara sina mordiska handlingar blir Tup sövd och skickas tillbaka till Kamino för undersökning. Samtidigt informerar separatisternas amiral Trench greve Dooku om sveket och är övertygad om att mordet härrör från något djupare. Anakin Skywalker och ARC Trooper Fives följer med Tup, men deras återresa hamnar i ett bakhåll av separatister.

I Kaminos sterila laboratorier sätts den sjuka klonsoldaten Tup och hans vän ARC-soldaten Fives i karantän för undersökning efter Tups chockerande mord på en jedimästare. Med hjälp av den medicinska droiden AZI-3 är Fives fast besluten att komma till botten med Tups tillstånd och avslöjar en hemlighet djupt begravd i Republikens kloningsprogram.

Klonsoldaten Tups kropp är planerad att transporteras till Coruscant, där kansler Palpatines egna läkare kommer att undersöka den noggrant. ARC-soldaten Fives bryter mot protokollet och trotsar order om att gräva fram svar, och upptäcker att det finns en organisk konstruktion med okänt syfte gömd i hjärnorna hos alla klonsoldater.

Fives fortsätter att söka svar på mysteriet kring klonkontamineringen och säkrar en audiens med Högsta Kanslern Palpatine. Men situationen kollapsar snabbt när Fives anklagas för att ha attackerat Kanslern, och han måste fly djupt in i Coruscants stadsbild medan han förföljs av andra klonsoldater.

Medan Padmé Amidala är på Scipio för att finansiera ett barmhärtighetsuppdrag blir hon anlitad av en gammal vän, Rush Clovis, för att hjälpa till att avslöja korruption inom Bankklanen. De måste undvika prisjägaren Embo för att kunna fly planeten med den komprometterande informationen.

Tillbaka på Coruscant ingår Clovis – Republikens kände förrädare – en tvivelaktig affär som placerar honom i spetsen för Bankklanen. Anakins växande misstro och hat mot Clovis spänner hans förhållande med Padmé till bristningsgränsen.

Clovis uppgörelse med separatisterna slår tillbaka och leder till krig i Scipios bankvärld.

Bardottas fridfulla värld och dess mystiska vägar hotas av en uråldrig profetia, och dess främsta andliga ledare har försvunnit. Drottning Julia av Bardotta ber om hjälp från sin mest betrodda vän i senaten, Jar Jar Binks. Jedi-rådet inser vikten av Bardottas andliga balans och skickar Mace Windu för att följa med Binks och utreda.

Jar Jar Binks älskade drottning Julia av planeten Bardotta har kidnappats av den blodtörstiga Frangawl-kulten för att uppfylla en mörk och uråldrig profetia. Representanten Binks och jedimästaren Windu måste hitta den försvunna drottningen innan kulten kan ta makten.

Ett Jedi-uppdrag hittar en ljussabel som tillhör den sedan länge döde Mästaren Sifo-Dyas, vilket får Yoda, Obi-Wan Kenobi och Anakin Skywalker att inleda en utredning om hans tio år gamla försvinnande. Detta får Darth Sidious att beordra Darth Tyranus att städa upp alla lösa trådar som kan leda till att Jedi upptäcker sanningen om Sith-konspirationen.

Yoda blir djupt orolig när han hör något från bortom graven: Qui-Gon Jinns röst. Medvetna om att det är omöjligt för en jedi att behålla sin identitet efter döden börjar jedirådet oroa sig för att Yoda kan vara korrumperad av den mörka sidans inflytande. Fast besluten att hitta svar flyr Yoda från jeditemplet för att följa den kroppslösa rösten.

Yoda låter sig vägledas av Kraften och reser in i galaxens hjärta, till en forntida värld som är en av Kraftens källor och källan till midi-klorianer. Yoda genomgår svåra prövningar som administreras av de fem prästinnor, mystiska kraftbärare som bär på hemligheten bakom odödlighet.

Efter många svåra prövningar reser Yoda härnäst till Siths hemvärld Moraband, där han måste möta en uråldrig ondska som är fast besluten att härska över galaxen.