Säsong 2

Fast i en trafikstockning möter Malcolm en fängslande ung flicka. Reese försöker göra inbrott i glassbilen och Lois försöker hålla ordning i kaoset. Francis slår vad med sina klasskamrater att han kan äta 100 ankformade godisar.

Francis kommer på besök och hjälper sina bröder med ett trick som involverar en gigantisk slangbåge. Hal försöker fånga en bilförare som kör för fort genom grannskapet.

Lois rymmer hemifrån när pojkarna raserar hennes förhoppningar om en lyckad födelsedag.

Malcolms familj går på restaurang med den pryda familjen Kenarbans, ett restaurangbesök som snabbt urartar. Malcolm inser att hans galna familj är farligt smittsam. Francis begår ett stort misstag när han bjuder in några flickor från orten till en fest på militärskolan.

En familjesemester på ett kasino blir till en prövning för Hal, Reese och Malcolm när de går på en tur i öknen och hamnar på ett militärt övningsområde. Francis passar på att åka hem när familjen är borta. Men partyt han tänkt ordna blir inte av istället han spenderar helgen tillsammans med.

När Hal och Lois åker iväg på en sammankomst gnäller pojkarna över att behöva umgås med en tråkig barnvakt. De gör allt för att preparera huset inför barnvaktens ankomst. Men det visar sig att det inte är någon trist gammal kärring utan en söt tonårstjej. Malcolm, Reese och Dewey börjar genast tävla om att få hennes uppmärksamhet.

Lois blir rånad på jobbet och Craig lyckas se till att de blir tagna som gisslan av rånarna. Hal och pojkarna belägrar sig i hemmet efter att en skock fladdermöss invaderat deras hus. Francis försöker muntra upp Finley, som blivit dumpad av sin flickvän, med ett besök på en strippklubb.

Malcolms förnedring på Krelboyne driver honom till vansinne så han börjar gå i terapi för att slippa skolan. Hal och Lois rensar ut en överfull garderob och hittar en skatt.

Malcolm får en roll i en skolpjäs och plötsligt får han hänga med de coola barnen. Hans kompisar från Krelboynes blir upprörda över att Malcolm övergivit dem och inte hjälper till med deras hemliga projekt. Men när den stora premiärdagen kommer blir det Malcolms gamla kompisar som lyckas hjälpa honom ur en pinsam situation.

Reese bestämmer sig för att ge upp titeln som skolans översittare vilket Malcolm får lida för. Francis ser inte fram emot sin födelsedag på Marlin kadettskola eftersom alla som fyller år får sitt kroppshår bortrakat.

Malcolm hamnar i trubbel med en äldre granne och blir tvungen att hjälpa henne med hushållet. Francis vän Richie börjar på militärskolan och lyckas komma undan med det mesta utan att bli straffad.

Malcolm upplever sin första förälskelse, en omtumlande upplevelse som pendlar mellan kärlek och hat. Francis försöker undvika ett disciplin straff för sitt senaste spratt. Dewey överreagerar när Lois läxar upp honom om riskerna att ha smutsiga teddybjörnar i sängen.

Malcolms familj får nya grannar och de försöker bli vänner med dem, men det visar sig att de nya grannarna är värre än Malcolms egen familj. På Marlins kadettskola förbereder man sig för ett besök av Oliver North, Spanglers stora idol. På den stora dagen är Spangler så nervös att han tar till flaskan för att lugna sig och den minnesvärda dagen blir ett fiasko.

Hal slutar sitt jobb för att förverkliga sin livsdröm, att bli konstnär. Istället för att umgås med sina kompisar under vårlovet blir Francis tvungen att arbeta. Malcolm börjar fundera på sin egen framtida karriär, och bestämmer sig för att göra ett anlagstest. Men det gör honom inte klokare, eftersom testet visar att han är kvalificerad till det mesta.

Lois föräldrar kommer på en överraskningsvisit, något som skapar kaos i familjen. Francis övertalar sina skolkamrater att åka till New Orleans på den årliga festivalen men väl där drabbas han av matförgiftning.

Lois hamnar i dispyt med en polis som hävdar att hon kört oansvarigt och på grund av obetalda böter blir hon gripen. Lois hävdar att hon har rätt men Malcolm hittar bevis på att hon ljuger.

Malcolm hamnar på sjukhus på grund av blindtarmsinflammation och försöker göra allt för att övertyga läkarna och sin familj att han inte behöver opereras. Francis startar en hungerstrejk på militärskolan.

När Reese återigen rakat av en pojke håret bestämmer sig Hal för att tillbringa mer tid med sin son. Han anmäler dem till en matlagningskurs och det visar sig att Reese har oanade talanger i köket. Malcolm försöker övertyga en klasskamrat att inte ha en fest. Francis är tvungen att skriva ett terminsprov, men han gör allt för att slippa.

Malcolm försöker hjälpa Reese att höja sina betyg och avslöjar anledningen till varför Reese inte klarar skolan. Francis vägrar att lyda Lois order om att laga taket och blir tvungen att flytta in hos en vän.

Malcolm och Reese går på en bowlingfest där de båda tävlar om samma tjejs uppmärksamhet.

Francis har en extra biljett till en brottningsmatch och Reese och Malcolm tävlar om vem som ska få följa med. Dewey passar Craigs katt men lyckas tappa bort den.

De yngre pojkarna i familjen försöker övertyga Lois att låta dem få en mini-motorcykel. Hal åker iväg på en far och son helg på Marlin kadettskola.

Malcolm, Reese, Dewey och Stevie går på en marknad men lyckas bli inlåsta i en vagn vilket slutar med att de får hela sällskapet efter sig.

Genom ett misstag lyckas Hal se till så att hela kvarteret blir tvungna att evakueras när han tappar en soffa på ett tågspår. Malcolm får utegångsförbud och Francis genomlider en dejt med en 12-årig tönt.

När Lois tror att hon kan vara gravid återupplever hon och Hal hur deras liv förändrades när deras söner föddes.